Ein Fischernetz wird mit einem Ködernetz geworfen, und ein Schwarm Möwen fliegt, um „Nahrung durch List oder Gewalt zu stehlen“. Nur eine Möwe namens Jonathan Livingston macht seine Trainingsflüge ganz alleine. Jonathan verletzt alle ungeschriebenen Gesetze des Rudels – hängt in der Luft, fliegt tief über das Wasser und entwickelt eine enorme Geschwindigkeit. Er versucht seine Fähigkeit zu perfektionieren.
Jonathan vernachlässigt die Hauptbeschäftigung von Möwen – die Beute des Essens. Seine Eltern sind besorgt, weil ihr Sohn „Federn und Knochen“ hatte. Jonathan lebt nach einer Überredungskunst eine Woche lang wie die anderen Möwen, erkennt dann aber die Sinnlosigkeit dieser Existenz und kehrt zum Training zurück. In der nächsten Woche
Eines Tages, Jonathan, der aus großer Höhe schnell absteigt, schlägt er hart auf das Wasser und verliert das Bewusstsein. Als er das Bewusstsein wiedererlangt, hört er eine Stimme, die sagt, dass Jonathan nur eine Möwe ist, die nicht für Hochgeschwindigkeitsflüge geboren wurde. Er beschließt zu akzeptieren und zum Rudel zurückzukehren, aber auf dem Heimweg findet er eine Lösung: Die Geschwindigkeit kann kontrolliert werden, indem man die Länge der Flügel reduziert. Indem er Misserfolge vergisst, trainiert er und erzielt Erfolg.
Am Morgen stürzt Jonathan versehentlich in die Frühstücksparty, aber kommt mit dem Management zurecht. Am Nachmittag gelingt es ihm, mehrere Kunstflugfiguren zu machen. Am Abend wird das nächste Treffen des Packs stattfinden. Der Älteste befiehlt Jonathan, in die Mitte eines Möwenkreises zu gehen. Das ist „oder die größte Schande oder größte Ehre.“ Er erwartet Lob, weil er das tat, was keine Möwe jemals vor ihm tat. Der Älteste verurteilte Jonathan jedoch wegen der Verletzung der Würde und der Bräuche der Chaika-Familie ins Exil nach Far Rocks.
Der Rest seiner Tage verbringt die Möwe allein. Jeden Tag lernt er etwas Neues und lernt seine Fähigkeiten anzuwenden. Er verpasst das Rudel
Teil zwei
Jonathan wird alt. Eines Tages, in der Nähe seiner Flügel, gibt es zwei leuchtende, weiße Möwen, die nicht schlechter fliegen können als er. Die Möwen sagen, dass Jonathan aus ihrem Rudel kommt und sie ihn nach Hause rufen. Jonathan klettert über die Wolken und wird ebenfalls schneeweiß und strahlend. Er fällt in eine andere Welt und entscheidet, dass dies der Himmel ist, ein Paradies für Möwen. Jonathan beginnt, sein vergangenes Leben zu vergessen.
Auch hier lebt die Packung. Alle Vögel arbeiten unermüdlich. Ihr Ziel ist es, Perfektion zu erreichen. Mentor, die schneeweiße Möwe Sullivan, sagt, dass Vögel wie Jonathan die seltene Ausnahme sind. Normalerweise bewegen sich Möwen fast unverändert in eine andere Welt, so dass sich jede nächste Welt kaum von der vorherigen unterscheidet. Um wie Jonathan zu werden, müssen gewöhnliche Möwen Zehntausende von Welten durchqueren und Zehntausende von Leben leben. Das älteste Rudel erklärt Jonathan, dass diese Welt überhaupt nicht der Himmel ist, und der Himmel ist „kein Ort und keine Zeit: das ist die Errungenschaft der Vollkommenheit.“ Jonathan wird zur Vollkommenheit kommen, wenn er lernt, mit der Geschwindigkeit des Denkens zu fliegen. Der Älteste ist bereits in der Lage, und Jonathan bittet ihn, ihn zu unterrichten.
Nach einer Weile erkennt Jonathan, dass er perfekt geschaffen ist und seine Möglichkeiten sind endlos. Er bewegt sich augenblicklich auf einen Planeten mit zwei Sonnen. Jetzt lernt Jonathan, sich rechtzeitig zu bewegen. Der Tag kommt, an dem die Federn des Alten noch mehr zu leuchten beginnen. Er verschwindet, indem er Jonathan sagt: „Versuchen Sie zu verstehen, was Liebe ist“.
Bald beginnt sich Jonathan an seinen alten Pack zu erinnern. Es scheint ihm, als könnte eine Möwe auftauchen, die sich entschlossen hat, aus den Fesseln seiner Natur auszubrechen. Vielleicht wurde diese Möwe auch vertrieben. Jonathan will immer mehr auf die Erde zurückkehren. Vergeblich entmutigt Sullivan ihn. Eines Tages kehrt Jonathan nach Hause zurück und findet die Fletcher-Möwe, die zum Exil verurteilt wurde. Er wird der erste Schüler von Jonathan.
Teil drei
Fletcher Lind will fliegen und wird fast ein idealer Schüler. Am Ende des dritten Monats hatte Jonathan sechs weitere Schüler, alle sechs – „Verbannte, von einer neuen seltsamen Idee mitgerissen: Fliegen um die Freude am Fliegen.“ Abends versucht Jonathan, ihnen die Idee einer allumfassenden Freiheit beizubringen, doch die Schüler, erschöpft für den Tag, schlafen ein, ohne auf den Lehrer zu hören.
Einen Monat später beschließt Jonathan, zum Rudel zurückzukehren. Obwohl die Schüler und dagegen, fliegen sie für den Mentor. Die ältesten befiehlt, den Verbannten nicht Beachtung zu schenken. Für eine Weile sieht Jonathan nur den grauen Rücken seiner Stammesangehörigen, misst dem aber keine Bedeutung bei. Er unterrichtet weiter.
Mit der Zeit fangen die Schüler an, Jonathan genauer zuzuhören, und nachts sind sie von jungen Möwen aus dem Rudel umgeben – sie sind auch daran interessiert, dem Mentor zuzuhören. Einen Monat nach der Rückkehr beginnt die Jugend des Rudels zu Jonathan zu ziehen. Eine der Seemöwen, Kirk Maynard, hat einen Flügel gebrochen, aber er will fliegen und bittet Jonathan um Hilfe. Jonathan sagt zu ihm: „Du bist frei, und nichts kann dich aufhalten.“ Kirk breitet seine Flügel aus und erhebt sich vor dem erstaunten Rudel in den Himmel. Die Jünger beginnen den Mentor als einen Gott zu betrachten.
Eine Woche später passiert das Unglück: Fletcher kommt mit dem Management nicht zurecht und stürzt mit höchster Geschwindigkeit in den Granitfelsen. In einer anderen Welt holt Jonathan ihn ein und bietet die Wahl: auf diesem Niveau zu bleiben oder nach Hause zu gehen. Fletcher kommt zurück. Da er feststellt, dass er nicht tot ist, entscheidet das Rudel, dass Jonathan entweder der Teufel oder der Sohn der Großen Möwe ist. Nach diesem Vorfall lernt Fletcher sofortige Bewegungen.
Bald entscheidet Jonathan, dass er das Rudel nicht mehr braucht. Er weist Fletcher an: „Halten Sie nach sich selbst Ausschau, versuchen Sie jeden Tag, dem echten allmächtigen Fletcher einen Schritt näher zu kommen, er ist Ihr Mentor.“ Dann beginnt Jonathans Körper mit einem geisterhaften Licht zu leuchten, es schmilzt in der Luft und Fletcher beginnt, grüne Anfänger zu trainieren.
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